Kuzeybatı-Güneydoğu yönünde 65 m., kuzeydoğu-güneybatı yönünde 40m. uzunluğu olan Kaklık Mağarası'nın daire şekilli olan girişi 13 x 11 m. boyutundadır. Girişe göre (0 m.) en derin noktası -14 m. ve toplam uzunluğu 190 m. tavan yüksekliği 2-5 metreler arasında değişen mağaranın güneybatı kenarında ikinci bölümü yeralır. Yaklaşık 40 m. devam eden bu bölümün içi çökmüş bloklarla kaplıdır. Buna karşılık ana galerinin hemen hemen tamamı mağara dışından çıkan ve büyük bölümü şelaleler yaparak mağaraya akan kaynak suların oluşturduğu travertenlerle kaplıdır. Basamaklar halinde havuzlarda oluşan ve tavanın çökmesi sonucu meydana gelen bloklar üzerinde gelişen beyaz renkli bu travertenler Pamukkale'nin küçük bir benzeridir. Mağaranın 78 m. batısında bulunan ve aynı yeraltı sisteminin parçası olan başka bir mağaradan çıkan kaynak şelaleler yaparak mağaranın içindeki suya karışır. Hidroloji ile özellikleri aynı olan bu kaynakların debileri farklıdır.

       Mağaralar insanların ilk doğal barınaklarına oluştururlar.Bu nedenle uzun yıllardan beri araştırmacıların dikkatlerini üzerlerine çekmiş ve ayrıntılı araştırmalara konu olmuştur.Ancak bu özelliklerinin yanında mağaralar içlerinde sakladıkları gizli güzelliklerin keşif ve seyrinin insanlara verdiği mutluluk,mağaracılığın son yıllarda bir bilim dalı olarak karşımıza çıkarmaktadır.Bunun yanında bir spor dalı olarakda karşımıza çıkmaktadır.Kaklık Mağarası damlataşı, sarkıtları ve dikitleriyle süslüdür. ,Pamukkalede bulunan travertenlere benzer ,traverten basamaklarıyla eşine rastlanmaz güzellikte olup, Küçük Pamukkale veya Mağara Pamukkale olarak adlandırılmaktadır.Mağara içersinde bol miktarda termal su bulunmaktadır.Berrak,renksiz ve kükürt kokulu olan bu su varlığı bazı cilt hastalıklarına iyi geldiği bilinmektedir.
      Ayrıca mağaranın yakınında ziyaretçilerin istifadesine sunulmak üzere yapılan yüzme havuzu, küçük amfi tiyatro, seyir alanları, kafeterya ve kameriyeler mayıs 2002 tarihinden itibaren turizmin hizmetine sunulmuştur.

Düden-kaynak, çöküntü obruğu konumlu aktif bir magara olan "Kaklık Mağarası"nın çevresi; Mesozoik kireçtaşları, Eeosen marn, kil, kumtaşı ve konglomeraları, miyosen-pliyosen yaşlı kil, kum, Marn ve kalkerler ile kuveterner'e ait traverten ve alüvyonlardan meydana gelmiştir.

 

       Kaklık Mağarası'nın içinden ve yakınında yüzeyden çıkan termal kaynakların hidrojeokimyasal özellikleri